הלימוד בכולל הוא באופן של לימוד הסוגיא היטב היטב
בהבנה ובהירות של הגפ"ת בעיון והעמקה עם דגש מיוחד בהסברת הדברים
והגשתם כמגיד שיעור בצורה ברורה ומדויקת.
הלימוד כסדר דף אחר דף ללא דילוגים מתחילא ועד סיפא של המסכתא
בלימוד נמרץ עם הספק שבועי מלא וגדוש.
סדרי הכולל גם הם בדגש מיוחד על התחלה בבוקר מוקדם יותר מהרגיל ועל כן הנהלת הכולל
דואגת לארוחת בוקר מלאה ומזינה מהשעה 8:30 לפני סדר הלימוד דבר הגורם גם לאחדות נפלאה
בין האברכים.
מלבד השיעורים נמסר ע"י ראש הכולל והמדרשה שיחות מוסר לפי תקופות השנה להתחזק ולקבל
משמעות בעבודת הזמנים
לומדי בית המדרש שהיו צריכים לעזוב את מרכז הארץ ולומדים כיום בצפון ובדרום מעידים על עצמם
שהלימוד בכולל והמדרשה לב פנחס נתן להם כלים בתחומים שונים ע"מ ללמוד וללמד ולדעת
להתמסר לשני.