כל ימיו נזהר ר' שלום שרעבי לערוך תיקון חצות על יד שריד מקדשנו, הכותל המערבי. הוא היה הולך באישון לילה ואפלה, בימות החמה ובימות הגשמים, ושמשו מאיר לפניו בפנקסו. לא עצרוהו רוח, שלג או גשם. בהגיעו אל שריד מחמד נפשנו, היה ר' שלום בוכה ומילל על גלות שכינה ועל בנים שגורשו משולחן אביהם:
"אוי לי גלות השכינה, - אוי לי על חרבן בית המקדש
- אוי לי על שרפת התורה, - אוי לי על הריגת הצדיקים,
- אוי לי על חלול שמו הגדול ותורתו הקדושה, - אוי לי כי גבר אויב,
- אוי לי על צער כל העולמות, - אוי לי על צער האבות הקדושים והאמהות הקדושות,
-אוי לי על צער הנביאים והחסידים והצדיקים אשר בגן עדן,
אוי לי על צערו של משיח...
והיו דמעותיו זורמות כנחל ומרטיבות את אבני הכותל הגדולות, ומשם עולות לפני כסא הכבוד למלא את נאד הדמעות עדי קירוב הגאולה...
בימיו של ר' שלום היו הגויים מציקים הרבה לתושבי עיר הקודש ירושלים. ביותר גברה רשעת ה"מערביים", הגויים שהחזיקו בבתים אשר מסביב לכותל המערבי: הם היו מתפרעים וזורקים אבן בכל יהודי העובר לתומו, מזלזלין בכבוד כל נערה ואשה עבריה שהולכת לשפוך שיחה ומרי נפשה לפני שריד תפארתנו.
באותם ימים היה ר' שלום שרעבי יוצא עם חצות הליל אל הכותל בסתר, ומשהגיע לכותל היה כובש פניו באבנים הגדולות עתיקי היומין והיה עורך תיקון חצות כדרכו בקודש כל ימי חלדו.
בספר "יששכר וזבולון" (ירושלים תרע"ג) מסופר שפעם אחת, כשעמד רב שלום לפני הכותל והתחיל בוכה על אריכות הגלות ושממות הארץ, התפרצה מלבו אנקה מרה ויללה איומה שהחרידה משכנות שאננים מסביב. למחרת נודע הדבר לכל השכנים הרעים של הכותל, וזממו להתנכל לרב שלום. חמתו של המופתי בערה בו להשחית. והמופתי הוא השליט בכל ירושלים וכולם יחרדו למוצא פיו.
ויהי בלילה השני והמופתי שלח את עבדיו הכושים, ונוספו עליהם מן השכנים המערביים, לארוב לרבי שלום בדרך ולהכותו נפש. המה התיצבו משני עברי המדרגות הרבות אשר על דרך הכותל, והמקלות והאלות נטויים בידיהם.
והרב ר' שלום יצא כדרכו בחצות הליל, כשהשמש פוסע לפניו ופנסו בידו, ונבהל השמש ממראה עיניו פתאום. אמר לו הרב: "אל תירא ואל תחת מפניהם, ואת דרכך לך". עברו השניים בין האורבים ואיש מהם לא הרים ידו, איש לא הוציא הגה מפיו.
הרב שלום סידר תיקון חצות כמנהגו וחזר לבית הכנסת שלו, "בית אל".
וכשהאיר הבוקר, ואנשי הרחוב עברו בדרך הכותל, אחזו בהם חיל ופחד מפני המראה הנורא אשר ראו עיניהם: עבדי המופתי וכמה ממודעיהם עמדו כנטועים במסמרים על מקומם מבלי לנוע והדיבור אין בפיהם. מיד הודיעו את הדבר אל המופתי והוא ירד בבהלה גדולה מעל מיטתו וכל העיר נבוכה.
הלך המופתי וכל גדולי הישמעאלים לבית הרב שלום. נפלו לרגליו וביקשו סליחה ומחילה מלפניו. תחילה דחה אותם והגיד להם שהכל מן השמים ולו אין חלק בזה ואינו יכול לשנות דבר.
אחרי הפצרות מרובות ותחנונים גדולים הסכים ר' שלום להעתיר ולהתפלל בעדם, ותנאי התנה עמהם, שיקבלו עליהם הישמעאלים לתת מהיום ולהבא ליהודים לצאת ולבא בשערי הכותל בכל עת ובכל שעה, הן ביום והן בלילה, הן ביום צום ואבל והן ביום מועד ושמחה. ורב שלום התפלל בעד הנענשים ונרפאו.